NR数据库解压缩教程：快速简单搞定！ (nr数据库解压缩)

在进行生物信息学序列分析的过程中，NR（Non-Redundant）数据库扮演着至关重要的角色。但是，这个数据库的大小相当巨大，所以在下载NR数据库时，整个过程可以非常耗时。而当你需要使用NR数据库进行一定的研究之后，相应的解压缩NR数据库的过程也可能会涉及到一些技术难题。因此，在这篇文章中，我们将重点介绍一些常规的nr数据库解压缩技巧和注意事项，帮助大家以快速且简单的方式来解压NR数据库。

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之一步：下载NR数据库

你需要在NCBI网站上下载NR数据库。在Web浏览器中输入“NCBI NR database”并单击搜索按钮，将会跳转到NCBI NR数据库的下载页面。你会看到两个下载文件：一个是压缩文件“nr.gz”，另一个是实体（Binary）碎片文件，其文件名为“nr”的多个扩展名。

第二步：解压缩NR.gz文件

NR.gz文件是NR数据库的压缩文件，因此，需要使用一些解压工具将其解压。对于Unix/Lunix/Mac用户，可以直接使用命令行工具，如“gunzip”，来解压缩NR.gz文件。如果你是Windows用户，则可以使用WinRAR、WinZip或7Zip等常见解压缩工具来完成解压任务。

让我们以7Zip为例，演示一下如何解压NR.gz文件。你需要将NR.gz文件移动到你计算机的任何目录中。右键单击NR.gz文件，选择“7-Zip”菜单，接着再选择“7-Zip”小菜单中的“在此处解压缩”，即可开始解压缩NR.gz文件。完成后，会在同一目录下生成一个“nr”文件。

第三步：合并碎片文件

在你解压NR.gz文件的同时，你也必须合并文件名为“nr”的多个碎片文件。你可以将这些碎片文件继续使用7Zip、WinRAR或其他合并工具进行合并。合并完成后，将生成一个大文件，即为NR数据库。

第四步：准备BLAST环境

一旦NR数据库被解压缩和合并成一个大文件，你就可以开始在你的生物信息学分析流程中使用它了。不过，在之前，你需要准备好BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）环境。BLAST是一款广泛应用于序列分析工具中的软件，用于比对和分析特定序列。

在使用BLAST进行NR数据库的搜索之前，你需要先下载BLAST，然后通过配置文件为其指定NR数据库文件路径。另外，在使用BLAST搜索NR数据库之前，还应该了解如何编写一个BLAST查询。

NR数据库的解压缩过程可能会涉及到一些技术难题，但只要你了解了基本操作，就可以在短时间内简单地完成它。在这篇文章中，我们介绍了NR.gz文件的解压缩方法、碎片文件的合并方法以及BLAST的安装和配置。不愧是这种常用的解压缩任务，请不要感到陌生或不安，相信您的科学精神和实践经验定会越发丰富！

相关问题拓展阅读：

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linux安装oracle11g

我看像是安装文件路径有中文造成的，安装包位置路径不能有中文

因项目需求，需要在64位linux系统中安装Oracle 11g，在网上查了很多内容，结合自己的实际经验，终于安装成功，记录下来，分享给有需要的同志们，不谢哈！^_^

一、修改操作系统核心参数

在Root用户下执行以下步骤：

1）修改用户的SHELL的限制，修改/etc/security/limits.conf文件

输入命令：vi /etc/security/limits.conf，按i键进入编辑模式，将下列内容加入该文件。

oracle soft nproc 2023

oracle hard nproc 16384

oracle soft nofile 1024

oracle hard nofile 65536

编辑完成后按Esc键，输入“:wq”存盘退出

2）修改/etc/pam.d/login 文件，输入命令：vi /etc/pam.d/login，按i键进入编辑模式，将下列内容加入该文件。

session required /lib/security/pam_limits.so

session required pam_limits.so

编辑完成后按Esc键，输入“:wq”存盘退出

3）修改linux内核，修改/etc/sysctl.conf文件，输入命令: vi /etc/sysctl.conf ，按i键进入编辑模式，将下列内容加入该文件

fs.file-max =

fs.aio-max-nr =

kernel.shmall =

kernel.shmmax =

kernel.shmmni = 4096

kernel.sem = 128

net.ipv4.ip_local_port_range =

net.core.rmem_default =

net.core.rmem_max =

net.core.wmem_default =

net.core.wmem_max =

编辑完成后按Esc键，输入“:wq”存盘退出

4）要使 /etc/sysctl.conf 更改立即生效，执行以下命令。输入：sysctl -p 显示如下：

linux:~ # sysctl -p

net.ipv4.icmp_echo_ignore_broadcasts = 1

net.ipv4.conf.all.rp_filter = 1

fs.file-max =

fs.aio-max-nr =

kernel.shmall =

kernel.shmmax =

kernel.shmmni = 4096

kernel.sem = 128

net.ipv4.ip_local_port_range =

net.core.rmem_default =

net.core.rmem_max =

net.core.wmem_default =

net.core.wmem_max =

5）编辑 /etc/profile ，输入命令：vi /etc/profile，按i键进入编辑模式，将下列内容加入该文件。

if ; then

ulimit -p 16384

ulimit -n 65536

else

ulimit -un 65536

编辑完成后按Esc键，输入“:wq”存盘退出

6）创建相关用户和组，作为软件安装和支持组的拥有者。

创建Oracle用户和密码,输入命令：

useradd -g oinstall -g dba -m oracle

passwd oracle

然后会让你输入密码，密码任意输入2次，但必须保持一致，回车确认。

7）创建数据库软件目录和数据文件存放目录，目录的位置，根据自己的情况来定，注意磁盘空间即可，这里我把其放到oracle用户下,例如：

输入命令：

mkdir /home/oracle/app

mkdir /home/oracle/app/oracle

mkdir /home/oracle/app/oradata

mkdir /home/oracle/app/oracle/product

8)更改目录属主为Oracle用户所有，输入命令：

chown -R oracle:oinstall /home/oracle/app

9)配置oracle用户的环境变量，首先，切换到新创建的oracle用户下,

输入：su – oracle ，然后直接在输入： vi .bash_profile

按i编辑 .bash_profile,进入编辑模式，增加以下内容：

export ORACLE_BASE=/home/oracle/app

export ORACLE_HOME=$ORACLE_BASE/oracle/product/11.2.0/dbhome_1

export ORACLE_SID=orcl

export PATH=$PATH:$HOME/bin:$ORACLE_HOME/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$ORACLE_HOME/lib:/usr/lib

编辑完成后按Esc键，输入“:wq”存盘退出

二、安装过程

1）当上述系统要求操作全部完成后，注销系统，在图形界面以Oracle用户登陆。首先将下载的Oracle安装包复制到linux中，用SSH其他ftp工具拷贝。

打开一个终端，运行unzip命令解压oracle安装文件，如：

输入命令：

unzip linux.x64_11gR2_database_1of2.zip

unzip linux.x64_11gR2_database_2of2.zip

解压完成后 cd 进入其解压后的目录database

输入命令：

cd database

使用ls命令可以查看解压后database所包含的文件，如下图：

2）执行安装，输入命令：./runInstaller

装到这一步，可以看到，可以查看到有很多的rpm包没有，我们可以从安装linux的光盘或ISO中（或去D:\linux_oracle11g_Package）查找所缺的包，使用ftp上传到linux中，然后使用rpm –ivh xxx.rpm –nodeps –force 来进行安装（其中加上–nodeps — force 代表强制安装，是在直接使用rpm –ivh xxx.rpm安装不成功的情况下用的）等到把包全部都安装好的情况下，再次在oracle图形界面中，执行安装过程2，下来在环境检查过程中，就通过了。

安装过程中86%可能会遇到报错如出错问题（error in invoking target ‘mkldflags ntcontab.o nnfgt.o’ of makefile）按照如下步骤顺序执行。

上传安装镜像rhel-server-6.1-x86_64-dvd.iso，

然后将镜像文件挂，如/mnt

# mount -o loop rhel-server-6.1-x86_64-dvd.iso /mnt

# cd /mnt/Packages

# rpm -ivh glibc-common-2.12-1.25.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh kernel-headers-2.6.32-131.0.15.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh libgcc-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh glibc-2.12-1.25.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh libgomp-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh nscd-2.12-1.25.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh glibc-headers-2.12-1.25.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh glibc-devel-2.12-1.25.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh mpfr-2.4.1-6.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh ppl-0.10.2-11.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh cloog-ppl-0.15.7-1.2.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh cpp-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh gcc-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

注：以上是安装gcc，软件安装顺序不能错。

******************************************

# rpm -ivh libstdc++-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh libstdc++-devel-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

# rpm -ivh gcc-c++-4.4.5-6.el6.x86_64.rpm

注：以上是安装gcc-c++

根据这个方法解决了错误。

安装完成后，系统会提示你需要用root权限执行2个shell脚本。按照其提示的路径，找到其所在的位置，如：我的就在/home/oracle/app/oracle/product/11.2.0/dbhome_1/root.sh

和 /home/oracle/oraInventory/orainstRoot.sh 新开启一个终端，输入命令：

su – root

cd /home/oracle/app/oracle/product/11.2.0/dbhome_1

sh root.sh

cd /home/oracle/oraInventory

sh orainstRoot.sh

三、数据库建库

1）还是在oracle用户的图形界面oracle用户中，新开启一个终端，直接输入命令dbca会弹出如下界面。我们这里采用定制数据库。

有两个zip压缩包，把2of2的components里的东西拷贝到1of2的components里就行了，我也遇到过！

权限问题。文件权限。目录权限

是不是你空间不足了，用df看下各盘的使用情况，要不正常只要安装就没多大问题了

再者建议在英文环境下安装

sql2023数据库压缩备份影响数据吗

SQL Server 2023 中的数据库压缩备份不会影响数据，因为压缩备份本质上是在将备份文件进行压缩，而不是备份数据库时对数据进行压缩。所以，压缩备份对数据本身没有任何影响。

压缩备份可以有效地减小备份文件的大小，减少磁盘占用空间，并且在数据传输过程中可以加快数据传输速度。此外，压缩备份也可以提高备份的效率，使得备份时间更短。

需要注意的是，虽然备份文件压缩可以减小文件大小，但是对于大型数据库来说，压缩备份可能会占用更多的 CPU 和内存资源，因此需要在备份时谨慎选择压缩备份选项。

总之，SQL Server 2023 中的数据库压缩备份不会影响数据本身，可以有效地减小备份文件大小，提高备份效率，并且需要谨慎选择压缩备份选项，以免占用过多的资源。

答案：压缩备份会影响数据库，具体影响取决于压缩比率和压缩方式。压缩备份会减小备份文件的大小，节省磁盘空间和传输时间，但同时也会增加备份和还原的时间和 CPU 资源消耗。因此，在进行压缩备份时，需要根据实际情况权衡利弊，选择合适的压缩比率和压缩方式，以达到更好的备份效果和性能。

解释：在 SQL Server 2023 中，可以使用压缩备份选项来压缩备份文件，以减小备份文件的大小。压缩备份有两种方式：逐页压缩和逐行压缩。逐页压缩是默认的压缩方式，它可以显著减小备份文件的大小，但会增加备份和还原的时间和 CPU 资源消耗。逐行压缩可以更加精细地控制压缩比率，但需要在备份命令中指定 WITH COMPRESSION 参数。需要注意的是，压缩备份并不适用于所有类型的数据库，对于已经高度压缩或包含大量 LOB 数据的数据库，压缩备份可能并不会带来明显的效果。

拓展：除了压缩备份，SQL Server 还提供了多种备份和还原选项，如完整备份、差异备份、日志备份等。在进行备份和还原时，需要根据实际情况选择合适的选项和策略，以保证数据的安全性和可恢复性。同时，还需要定期测试备份和还原方案的有效性，以应对突发事件和故障。

数据库压缩备份对数据的影响取决于压缩备份的具体方式。如果采用的是在线压缩备份方式，即不会影响数据库的正常运行，同时在备份时压缩数据文件，以减小备份文件的大小，这种方式不会对数据造成影响。因此，不必担心备份的数据完整性和正确性。

但是，在线压缩备份需要较多的 CPU 和内存资源，如果服务器资源不足，则会影响数据库的性能，从而影响数据的使用。此外，备份文件在压缩后会占用更少的存储空间，但是在还原备份文件时需要更长的时间，因为需要解压缩备份文件。因此，需要权衡备份文件的大小和还原备份文件所需的时间。

另外，如果采用的是离线压缩备份方式，即需要先停止数据库的运行，备份数据文件并将其压缩，此时对数据库会产生停机的影响，可能会影响数据的完整性和正确性。因此，在选择备份方式时，需要根据实际情况进行权衡和选择。

需要注意的是，采用压缩备份方式时，应该定期进行备份文件的校验和恢复测试，以确保备份数据的正确性和可用性。

SQL Server 2023 数据库压缩备份不会影响数据的完整性和一致性。压缩备份仅仅是对备份数据进行压缩，减少备份数据的存储空间，不会对备份数据本身进行修改或删除，因此不会对数据的完整性和一致性造成影响。

压缩备份的好处是可以节约大量的磁盘空间，同时也可以提高备份和恢复的速度。但是需要注意的是，压缩备份需要更多的 CPU 和内存资源，因此可能会影响系统的性能。此外，对于大型数据库，压缩备份可能需要更长的时间来完成。因此，在进行压缩备份之前，需要对系统资源和备份时间进行充分的评估和计划。

总之，SQL Server 2023 数据库压缩备份不会影响数据的完整性和一致性，但需要注意对系统资源和备份时间进行评估和规划，以确保系统的稳定性和备份的可靠性。

SQL Server 2023 数据库的压缩备份不会影响数据，因为它只是对备份文件进行了压缩，对数据库本身的数据没有影响。压缩备份可以减小备份文件的大小，节省磁盘空间，提高备份文件的传输效率。压缩备份可以通过 SQL Server Management Studio 或者 Transact-SQL 语句来实现。在进行压缩备份时，需要注意的是，压缩备份需要更多的 CPU 和内存资源，备份时间也会更长。如果备份非常大，压缩备份会增加还原的时间。因此，需要根据实际情况来选择是否进行压缩备份。同时，还需要注意备份文件的保存位置，以免备份文件丢失导致数据无法还原。

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