探秘数据库rc:了解数据管理的新概念(数据库rc)

随着科技的不断进步,数据变得越来越重要,尤其是在企业内部数据的管理与应用。随着数据量的增长,传统的数据库管理系统也出现了一些限制。为了充分利用数据资源,提高数据管理效率和质量,数据库技术不断推陈出新。其中一个值得关注的新技术就是rc数据库。

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数据库rc,全称为Relational Cloud,是一种新型的分布式数据库管理系统,可以自动进行负载均衡、高可用性、水平扩容和在线索引等操作。下面将从以下几个方面来详细探讨一下数据库rc的特点和优势。

1.分布式架构

传统的关系型数据库主要是单机环境下工作的。但随着企业业务量的不断增长,数据量也急剧增加,单机环境已经不能满足业务需要,需要采用分布式架构来进行数据管理。rc数据库采用分布式架构,将数据分片存储,并进行负载均衡,可以提高数据库的负载能力,保证数据的高可用性和可靠性。

2.自动水平扩容

rc数据库可以自动水平扩容。当数据量增加时,可以通过自动添加数据节点的方式来扩容,同时还可以保证负载均衡和高可用性。这一点不仅减轻了数据库管理员的工作量,也提高了数据库的拓展性。

3.在线索引

rc数据库采用在线索引技术,可以保证数据查询的高效性。在线索引可以确保在大型数据集上进行高效的插入、更新和删除操作,从而提高数据的写入和读取速度。与传统数据库的索引方式不同,rc数据库的索引是动态生成的,而且不会阻塞数据操作。这种索引方式可以避免数据库锁的问题,提高数据的并发性。

4.支持多租户模式

rc数据库采用多租户模式,可以使不同业务的数据进行隔离。在多租户模式下,不同业务之间的数据可以互不干扰的使用,从而保证数据的安全性。

5.数据安全

rc数据库可以为企业提供高级的数据安全保障,包括数据加密、数据备份和数据恢复等功能。对于一些敏感的数据,rc数据库可以用加密的方式存储,避免数据泄露的风险。同时rc数据库还支持数据备份和恢复功能,以便在系统发生故障时可以快速恢复数据,保证数据的完整性和可靠性。

rc数据库是一种非常先进的新型数据库管理技术,可以帮助企业实现数据分布式管理、高效数据查询、自动水平扩容、在线索引以及多租户模式等功能,从而提高企业数据的质量和效率,为企业业务的发展提供坚实可靠的基础。

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高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)

GenBank数据库结构

完整的GenBank数据库包括序列文件,索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文枝芦乱献等建立的,用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库,其数据格式为FastA。

GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目,包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前,许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面,我们介绍序列文件的结构。

GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成,每个字段由关键字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要,关键字从之一列开始,次关键字从第三列开始,特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行,也可以占若干行。若一行中写不下时,继续行以空格开始。

序列条目的关键字包括LOCUS(代码),DEFINITION(说明),ACCESSION(编号),NID符(核酸标识),KEYWORDS(关键词),SOURCE(数据来源),REFERENCE(文献),FEATURES(特性表),BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号),用“编号.版本号”表示,并取代关键词NID。

LOCUS(代码):是该序列条目的标记,或者说标识符,蕴涵这个序列的功能。例如,图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容,如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述,如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。

ACCESSION(编号):具有唯一性和永久性,如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列,在文献中引用这个序列时哗茄,应该以此编号为准。

KEYWORDS(关键词)字段:由该序列的提交者提供,包括该序列的基因产物以及其它相关信息,如本例中环氧化酶-2(-2),前列腺素合成酶(synthase)。

SOURCE(数据来源)字段:说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的,如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANI(种属)指出该生物体的分类学地位,如本例人、真核生物等等(详见图4.1)。

REFERENCE(文献)字段:说明该序列中的相关文献,包括AUTHORS(作者),TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等,以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接,点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献,以不同序号表示,并给出该序列中的哪一部分与文献有关。

FEATURES(特性表):具有特定的格式,用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库,如本例中的分类数据库(taxon9606),以及蛋白质序列数据库(PID:g181254)。序列中各部分的位置都在表中标明,5’非编码区(1-97),编码区(),3’非编码区(),多聚腺苷酸重复区域(),等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然,这个例子只是特性表的部分注释信息,但已经足以说明其详细程度。

接下来是碱基含量字段,给出序列中的碱组成,如本例中1010个A,712个C,633个G,1032个T。ORIGIN行是序列的引导行,接下来便是碱基序列,以双斜杠行“//”结束。

·EMBL数据库结构

EMBL数据库的基本单位也是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成,每个字段由标识字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次标识字或特性表说明符开始,最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。

条目的关键字包括ID(序列名称),DE(序列简单说明),AC(序列编号),SV(序列版本号),KW(与序列相关的关键词),OS(序列来源的物种名),OC(序列来源的物种学名和分类学位置),RN(相关文献编号或递交序列的注册信息),RA(相关文献作者或递交序列的作者),RT(相关文献题目),RL(相关猛档文献杂志名或递交序列的作者单位),RX(相关文献Mediline引文代码),RC(相关文献注释),RP(相关文献其他注释),CC(关于序列的注释信息),DR(相关数据库交叉引用号),FH(序列特征表起始),FT(序列特征表子项),SQ(碱基种类统计数)。

其它常用核酸序列数据库

·dbEST

dbEST数据库专门收集EST数据,该数据库有自己的格式,包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要,也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括1.6_106条EST。其中有1百万条人的EST,30万条小鼠和大鼠的EST。

·GSDB

GSDB是基因组序列数据库(GenomeSequenceDataBase),由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息,以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式,大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据,并在发送之前对数据进行检查,以确保数据的质量。

GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致,主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。

GSDB数据库可以通过万维网查询,也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法,熟悉数据库结构化查询语言SQL,对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。

·UniGene

人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定,整个基因组估计有30亿个碱基对,其中大约3%可以编码蛋白质,其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来,因此是一种重要的数据资源。

UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理,剔除冗余部分,将同一基因的序列,包括EST序列片段搜集到一起,以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外,也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因,而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行(TITLE)给出基因的名称和简单说明,表达部位行(EXPRESS)指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外,列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。

UniGene中部分条目包括已知基因序列,而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着,这些EST序列所对应的基因尚未搞清,可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中,UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。

UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问

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