如何在Linux上安装EMBOSS？(linux安装emboss)

EMBOSS是一款用于生物信息学数据分析的免费软件包，它具有强大的特性和功能，能够帮助生物信息学家进行多样的数据分析。在这篇文章中，我们将介绍如何在Linux上安装EMBOSS。

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步骤1：下载EMBOSS

我们需要在EMBOSS官方网站上下载软件包，网址为http://emboss.sourceforge.net。在网站的左侧侧边栏中，可以看到“Download”和“Tarball”两个链接。我们需要点击“Tarball”链接，下载最新版本的EMBOSS安装包。

步骤2：安装依赖项

在安装EMBOSS之前，我们必须先安装一些必要的依赖库和工具。具体而言，我们需要安装以下软件包：

– GCC编译器

– GNU Automake

– GNU Autoconf

– Zlib开发库

我们可以使用每个Linux发行版的软件包管理器来安装这些软件包。比如，在Ubuntu上，我们可以使用以下命令来安装这些软件包：

sudo apt-get install gcc automake autoconf zlib1g-dev

步骤3：解压缩EMBOSS安装包

我们需要将下载的EMBOSS安装包解压缩到一个目录中。在终端中切换到下载的EMBOSS安装包所在的目录，然后使用以下命令来解压缩：

tar -xvf emboss-latest.tar.gz

这将在当前目录下创建一个名为“emboss-X.X.X”（其中“X.X.X”代表EMBOSS的版本号）的新目录，里面包含了EMBOSS的源代码。

步骤4：编译和安装EMBOSS

现在，我们需要切换到刚刚解压缩的EMBOSS目录，并开始编译和安装。在终端中输入以下命令：

cd emboss-X.X.X

./configure –prefix=/usr/local/emboss

make

sudo make install

这几个命令将会：

– 进入到EMBOSS目录

– 配置安装选项

– 编译软件包

– 安装软件包

上述第3步和第4步需要一段时间才能完成，具体时间取决于你的电脑处理器性能和内存大小。

步骤5：测试EMBOSS

现在，EMBOSS已经安装完毕，我们可以通过运行以下命令来测试它：

which emboss

如果输出如下，则说明EMBOSS已经成功安装：

/usr/local/emboss/bin/emboss

步骤6：使用EMBOSS

EMBOSS安装完毕后，我们可以通过终端或调用脚本等方式进行操作。例如，你可以使用以下命令来查看EMBOSS的版本号：

embossversion

更多的EMBOSS使用方式和命令，请访问官方文档网站。

在Linux上安装EMBOSS是一项容易的任务，只需要遵循上述步骤，就可以轻松地安装它。EMBOSS是一款强大的生物信息学数据分析软件，它的安装可以帮助我们更好地处理生物信息学数据。

相关问题拓展阅读：

• 求助，我在安装EMBOSS遇到问题
• 请教个emerge失败的问题

求助，我在安装EMBOSS遇到问题

在程序管理里面 可以查看到是否有安装支付宝的安全控件 如果它已经提示你了，就代表你已经安装过 你使用IE浏览器来购买东西即可

请教个emerge失败的问题

昨天升级时发现n个包都报同一个错误：

libtool: compile: Failed to create `.libs’

make: Error 1

make:Waiting for unfinished jobs….

libtool: compile: Failed to create `.libs’

make: Error 1

libtool: compile: Failed to create `.libs’

make: Error 1

make: Leaving directory `/var/tmp/portage/app-text/poppler-0.10.4/work/poppler-0.10.4/goo’

make: Error 1

make: Leaving directory `/var/tmp/portage/app-text/poppler-0.10.4/work/poppler-0.10.4′

make: Error 2

看了看，我猜测可能是libtool有问题，于是打算从新emerge一下libtool，但是发现它也报错

Assembler messages:

Fatal error: can’t create libltdl/.libs/libltdl_libltdl_la-lt__alloc.o: No such file or directory

make: Error 1

make:Waiting for unfinished jobs….

Assembler messages:

Fatal error: can’t create libltdl/.libs/libltdl_libltdl_la-lt_dlloader.o: No such file or directory

Assembler messages:

Fatal error: can’t create libltdl/loaders/.libs/libltdl_libltdl_la-preopen.o: No such file or directory

然后想也不想的就要从新emerge gcc。。。没想到它更离谱，报如下错误：

configure: creating ./config.status

mkdir: cannot create directory `conf4892.dir’: File exists

config.status: creating Makefile

config.status: creating mkheaders.almost

config.status: creating config.h

make: Leaving directory `/var/tmp/portage/sys-devel/gcc-4.3.3/work/build’

make: Error 2

make: Leaving directory `/var/tmp/portage/sys-devel/gcc-4.3.3/work/build’

make: Error 2

我找到这个文件，删除了。从新emerge又报了一个类似的错误。删除所有临时文件，又从新下载了gcc的包，后还是不能解决。

我的emerge －－info如下：

Portage 2.1.6.7 (hardened/linux/amd64/2023.0/desktop, gcc-4.3.3, glibc-2.9_pr1, 2.6.28-gentoo-r2 x86_64)

=================================================================

System uname:

Timestamp of tree: Thu, 26 Feb:35:01 +0000

ccache version 2.4

app-shells/bash: 3.2_p48-r1

dev-lang/python: 2.5.4-r2

dev-util/ccache: 2.4-r8

dev-util/cmake: 2.6.2

sys-apps/baselayout: 2.0.0

sys-apps/openrc: 0.4.3-r1

sys-apps/sandbox: 1.3.8

sys-devel/autoconf: 2.13, 2.63

sys-devel/automake: 1.5, 1.7.9-r1, 1.9.6-r2, 1.10.2

sys-devel/binutils: 2.19.1

sys-devel/gcc-config: 1.4.1

sys-devel/libtool: 2.2.6a

virtual/os-headers: 2.6.28-r1

ACCEPT_KEYWORDS=”amd64 ~amd64″

CBUILD=”x86_64-pc-linux-gnu”

CFLAGS=”-march=core2 -O2 -pipe -fforce-addr”

CHOST=”x86_64-pc-linux-gnu”

CONFIG_PROTECT=”/etc”

CONFIG_PROTECT_MASK=”/etc/ca-certificates.conf /etc/env.d /etc/fonts/fonts.conf /etc/gconf /etc/gentoo-release /etc/revdep-rebuild /etc/sandbox.d /etc/terminfo /etc/udev/rules.d”

CXXFLAGS=””

DISTDIR=”/usr/portage/distfiles”

EMERGE_DEFAULT_OPTS=” –keep-going”

FEATURES=”ccache distlocks fixpackages keepwork parallel-fetch protect-owned sandbox sfperms strict unmerge-orphans userfetch”

GENTOO_MIRRORS=”

”

LANG=”zh_CN.UTF-8″

LDFLAGS=”-Wl,-O1″

MAKEOPTS=”-j3″

PKGDIR=”/usr/portage/packages”

PORTAGE_RSYNC_OPTS=”–recursive –links –safe-links –perms –times –compress –force –whole-file –delete –stats –timeout=180 –exclude=/distfiles –exclude=/local –exclude=/packages”

PORTAGE_TMPDIR=”/var/tmp”

PORTDIR=”/usr/portage”

PORTDIR_OVERLAY=”/usr/local/portage/layman/gentoo-china”

SYNC=”

USE=”X a52 aac aalib acl acpi alsa amd64 apm audiofile bash-completion berkdb bluetooth branding bzip2 cairo cddb cdparanoia cdr cjk cli cracklib crypt css dbus dri dts dv dvd dvdr dvdread eds emboss encode esd evo exif fam fbsplash ffmpeg firefox flac gdbm gif glade gpm gstreamer gtk hal hardened iconv immqt-bc isdnlog jpeg justify lame laptop ldap libnotify live mad midi mikmod mmx mng mp3 mpeg mudflap multilib ncurses nptl nptlonly ogg openal openexr opengl openmp pam pcre pdf perl pic png ppds pppd python qt3support quicktime readline reflection samba sdl session spell spl sse sse2 sse3 ssl startup-notification subversion svg symlink sysfs tcpd theora tiff truetype unicode urandom u v4l v4l2 vcd vim-syntax vorbis wifi wma wmf x264 xml xorg xpm xscreensaver xulrunner xv xvid xvmc zlib” ALSA_CARDS=”ali5451 als4000 atiixp atiixp-modem bt87x ca0106 cmipci emu10k1x ens1370 ens1371 es1938 es1968 fm801 hda-intel intel8x0 intel8x0m maestro3 trident u-audio via82xx via82xx-modem ymfpci” ALSA_PCM_PLUGINS=”adpcm alaw asym copy dmix dshare dsnoop empty extplug file hooks iec958 ioplug ladspa lfloat linear meter mmap_emul mulaw multi null plug rate route share shm softvol” APACHE2_MODULES=”actions alias auth_basic authn_alias authn_anon authn_dbm authn_default authn_file authz_dbm authz_default authz_groupfile authz_host authz_owner authz_user autoindex cache dav dav_fs dav_lock deflate dir disk_cache env expires ext_filter file_cache filter headers include info log_config logio mem_cache mime mime_magic negotiation rewrite setenvif speling status unique_id userdir usertrack vhost_alias” ELIBC=”glibc” INPUT_DEVICES=”keyboard mouse synaptics evdev” KERNEL=”linux” LCD_DEVICES=”bayrad cfontz cfontz633 glk hd44780 lb216 lcdm001 mtxorb ncurses text” USERLAND=”GNU” VIDEO_CARDS=”radeon”

Unset: CPPFLAGS, CTARGET, FFLAGS, INSTALL_MASK, LC_ALL, LINGUAS, PORTAGE_COMPRESS, PORTAGE_COMPRESS_FLAGS, PORTAGE_RSYNC_EXTRA_OPTS

关于linux安装emboss的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。

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