LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一个广泛使用的分子模拟软件,主要用于研究原子、分子等微观领域的热力学、力学、动力学、非平衡统计物理等问题。LAMMPS可以在多种计算平台上运行,包括个人计算机、工作站、服务器、超级计算机等。本文将介绍。
一、准备安装环境
1. 操作系统:Linux系统,建议选择Debian、Ubuntu、CentOS等Linux发行版。
2. C++编译器:安装LAMMPS需要C++编译器,建议选择GNU GCC编译器。
3. MPI库:LAMMPS可以使用MPI实现并行计算,安装LAMMPS需要安装相应的MPI库。常用MPI库有OpenMPI、MPICH、Intel MPI等。
4. FFT库:LAMMPS需要FFT库支持,常用的FFT库有FFTW、MKL等。
5. 其他依赖库:LAMMPS也依赖于其他一些库,包括BLAS、LAPACK、OpenBLAS、ATLAS等。具体依赖库的安装方式可以参考LAMMPS官方文档或者相关资料。
二、下载LAMMPS
LAMMPS可以从官网(https://lammps.sandia.gov/)或者GitHub上下载。建议选择最新的稳定版进行下载。
1. 从官网下载:打开官网,在“Download”栏目下选择对应的版本进行下载。
2. 从GitHub下载:打开GitHub,搜索LAMMPS项目,在“Releases”中选择对应的版本进行下载。
三、编译安装LAMMPS
下载完成后,在终端下进入LAMMPS的源代码目录,使用make命令编译安装。
1. 编译串行版LAMMPS:输入命令“make serial”,编译并构建串行版本。
2. 编译并行版LAMMPS:输入命令“make mpi”的时候指定MPI库,例如OpenMPI。
$ make mpi mode=shlib MPI_INC=”-I/usr/include/openmpi-x86_64 -DMPICH_SKIP_MPICXX” MPI_PATH=”-L/usr/lib64/openmpi/lib -lmpi_cxx -lmpi”
注意:MPI_INCLUDE和MPI_LIB变量需要根据MPI库的安装路径来设置。
3. 编译GPU版LAMMPS:输入命令“make gpu”的时候指定CUDA路径。
$ make gpu CUDA_INC=”-I/usr/local/cuda/include” CUDA_PATH=”-L/usr/local/cuda/lib64 -lcudart”
注意:CUDA_INCLUDE和CUDA_LIB变量需要根据CUDA的安装路径来设置。
四、测试LAMMPS
安装完成后,可以通过运行LAMMPS自带的测试程序进行测试。
1. 进入LAMMPS的test目录。
$ cd /path/to/lammps/test/
2. 运行测试脚本。
$ ./run_tests.py -s all
3. 检查测试结果。
测试完成后,可以通过查看测试结果文件夹中的log文件来查看测试结果。
五、常见问题解决
1. 缺少依赖库导致编译失败:可以通过安装相应的依赖库来解决。
2. 编译器版本不兼容导致编译失败:可以尝试升级编译器版本或者降低LAMMPS的版本。
3. MPI库或FFT库版本不兼容导致运行失败:可以选择相应的MPI库或FFT库版本,或者升级LAMMPS版本。
六、
安装LAMMPS需要准备相应的环境,下载LAMMPS源代码后,通过make命令进行编译安装。在安装过程中会遇到一些常见问题,需要根据错误提示来解决。安装完成后可以进行测试,并根据测试结果来优化LAMMPS的性能。LAMMPS是一个强大的分子模拟软件,熟练掌握其安装和配置可以为研究带来很大的便利。
相关问题拓展阅读:
.tar.gz,是gunzip压汪和茄缩的没错困察,但你的命令 tar xvf lammps*.tar 中显缺少了一个参数,所以tar不知道要采用哪棚轿种算法解压。
正确的命令是
tar zvxf lammps*.tar
对于.bzip及.bzip2,用tar解压则是
tar jvxf lammps*.tar
最新的tar已经不需要这么烦了。系统安装喊岩了gzip的情况下,tar会自动识别压缩格式,庆锋直接用:
tar -xf lammps.tar.gz
就可以解压了。
我不知道这里的小横杠是不是必须的,但“解压怎么不成呢”,好歹你也说一下誉渗晌怎么个不成法啊!
(用tar解tar包时不用指定压缩算法,不要被人误导了)
用命令试试#tar -zxvf
提示的错误都不发出来?
迅雷下载然后解压并安装
登入LAMMPS官网
网页链接
,点击Downloads
网页链接
,里面有需要相凳搏应的版本,一般使用的windows版本和Linux版本,在Windows installer package部分下载windows安装包,在Download a tarball页面选择Linux版本,这个软件没有界面,需要命贺喊令行来操作,按照页面说的,好好看一下,枣拍祥应该能安装成功的。
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新闻标题:如何在Linux系统下成功安装LAMMPS(linux安装lammps)
文章出自:http://www.shufengxianlan.com/qtweb/news43/348143.html
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