了解SCOP分类数据库，拓展蛋白质领域研究(scop分类数据库)

在蛋白质领域的研究中，分类数据库备受关注。其中，SCOP（Structural Classification of Proteins，蛋白质结构分类系统）是一种非常有价值的分类数据库，主要用于对已知蛋白质进行分类和命名。SCOP的诞生给研究者提供了一种归纳不同蛋白质结构的方法，其准确性和可靠性已经得到了广泛的认可。本文将着重介绍SCOP的分类方法、特点以及在蛋白质领域研究中的应用。

一、SCOP分类方法

SCOP分类系统主要从结构上对蛋白质进行分类，这是与其它分类系统的主要区别。SCOP分类结构涉及聚合基元、态形态等复杂的结构分析技术，同时也需要进行人工审核和整理。SCOP将蛋白质结构划分为四个层次：超家族、家族、蛋白质和Peptide，其中Peptide通常是一条蛋白质链中的片段。超家族是更大的分类单位，包含很多家族和单独蛋白质，而家族和单独蛋白质是更小的分类单位。

在进行结构分类时，SCOP的目标是要寻找结构上的同源性，也就是说，寻找拓扑相同的结构元素。为了实现这个目标，SCOP将同源性分为三个级别。之一级同源性包括由一组拓扑外形、序列含量、成分保守性等共同决定的同源蛋白；第二级中的蛋白具有共同原始构造的结构元素；第三级蛋白的结构特点则是单独的超微结构、折叠模模式或者是局限于某些构造特征。

二、SCOP特点

1. SCOP分类准确性高

由于结构上的同源性是蛋白质分类的主要依据，而拓扑外形、序列含量、成分保守性等共同决定的同源蛋白在SCOP系统中被放到了之一级，因此SCOP系统对蛋白质的分类具有很高的准确性。此外，SCOP通过一系列的分类标准，例如蛋白质的序列之间的同源性、蛋白质的折叠模式等，使得分类更加彻底。

2. SCOP具有良好的细节分类能力

不同于其它分类系统的是，SCOP分类系统非常注重细节分类的能力，这在一定程度上可以提高数据的可靠性和实用性。例如，所有的非蛋白质结构都被限制在其它分类系统中，确保了蛋白质结构的精准展示。

3. SCOP数据更新及时

SCOP系统自发布以来一直在不断地更新。基于新的序列和NMR结构的研究数据，SCOP数据库能够自动地对分类结果进行计算和更新。同时，SCOP的数据更新也非常及时，保证了其数据的可靠性。

三、SCOP在蛋白质领域的研究应用

SCOP作为一种可靠的分类系统，不仅在科技研究领域中具有非常重要的应用价值，同时也广泛应用于生物信息学分析。其主要应用分为以下几个方面：

1. SCOP在蛋白质结构预测和构建的应用

SCOP能够给出蛋白质结构以及其在分类系统中的结构位置，这使得SCOP广泛应用于蛋白质结构预测和构建中。在蛋白质结构预测中，通过将现有的氨基酸序列与SCOP分类系统中的同源蛋白对比，可以预测出其所属的结构类型，也可以进行蛋白质的模拟及其结构构建。

2. SCOP在蛋白质结构分析中的应用

通过对SCOP数据库中的分类系统以及其中蛋白质的折叠模式的研究，能够加深对蛋白质结构的理解。通过比较分类系统之间的数据，能够找出不同折叠模型之间的关系，从而发现新的折叠模型，包括未分类和尚未知道的折叠模型等。

3. SCOP在蛋白质工程中的应用

SCOP作为一种可靠的分类系统在蛋白质工程领域中也应用广泛。通过在SCOP分类系统中寻找特定结构类型的蛋白质，可以快速找到需要的目标蛋白质，并进行研究和处理。

四、结论

作为一种高度可靠的蛋白质分类数据库，SCOP在蛋白质领域的研究领域应用广泛，其分类准确性高，有良好的细节分类能力，数据更新也非常及时。在今后的蛋白质领域研究中，SCOP的使用将会更加广泛，能够精准的描述和解决蛋白质研究中的问题。

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• Oracle里，scope=both或者scop=pfile这个选项是做什么用的？谢谢你。

Oracle里，scope=both或者scop=pfile这个选项是做什么用的？谢谢你。

应该袭腔是scope=both和scope=spfile

Oracle 里面有个叫做spfile的东西，就是动态参数文件，里面设置了Oracle 的各种参数。所谓的动态，就是说你可以在不关闭数据库的情况下，更改数据库参数，记录在spfile里面。更改参数的时候，有4种盯裂scope选项。scope就是范围

++ scope=spfile 仅仅更改spfile里面的记载，不更改内存，也就是不立即生效，而是等下次数据库启动生效。有一些参数只允许用这种方法更改

++ scope=memory 仅仅更改内存，不改spfile。也就是下次启动就失拍则衫效了

++ scope=both 内存和spfile都更改

++ 不指定scope参数，等同于scope=both.

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